九崴南科發電廠預定地在安南區及安定區交界處，台灣歷史博物館北方，目前為台糖農牧特定專用區 。半徑5公里內的人口約12萬人，附近有10幾個社區加上14所學校。 由於緊鄰人口密集區引發當地居民組成自救會連署抗議，訴求另覓他址。

九崴南科天然氣電廠由森崴能源的子公司九崴電力負責開發，有屬於民營獨立電廠，所發電力除提供廠內用電外，預計全部躉售給台電。

上週五(19日)立委郭國文質詢時表示，去年9月，九崴首次環評未過，被指名只重發電而忽略周遭生態以及民眾生活。九崴卻以為隨便辦幾場座談會就沒事，更在會上錯誤引用高雄電廠例子想欺瞞鄉親。

郭國文強調，九崴缺少環評和地方政府同意這兩項，因此無法成案，目前第二次環評最快8月召開。郭國文要求經濟部要列席環評會議，並檢討台糖當初貿然提供土地的決策。

邱昭勝議員表示，我們曉得台灣需要用電，也理解國家發展需要能源，產業更是。自救會的夥伴們一再重申，從來不反對設立電廠。既然電力需求存在是事實，民意與過半議員的態度也如此明確了，市府若能快點否決、撤回，讓電廠及儲能廠能業者及相關主管機關有更充裕的時間，另尋適合的設置處。

針對電廠爭議，台南市政府表示重申與市民站在一起，共同維護生活環境的立場不變。基於民意及議會決議，市府也明確表示不會審查九崴開發案。